Riadiaci systém je hlavnou súčasťou vertikálneho obrábacieho centra. Prijíma príkazy operátora a riadi pohyb rôznych komponentov stroja. Riadiace systémy zvyčajne využívajú-vysoko presné CNC systémy, ktoré umožňujú zložité obrábacie dráhy a presné polohovanie. Prostredníctvom presného ovládania riadiaceho systému môžu vertikálne obrábacie centrá dosahovať vysokú-presnosť obrábania, čím sa výrazne zvyšuje efektivita a kvalita výroby.
